Bei dem Erreger der unbehandelt tödlichen Schlafkrankheit (Nagana-Seuche) handelt es sich um eine parasitisch lebende Art der Zooflagellaten namens Trypanosoma. Die Trypanosomen werden durch Tse-Tse Fliegen übertragen, bei denen beide Geschlechter Blutsauger sind und sich alle 3-4 Tage von Blut ernähren müssen (ca. 2 Minuten Saugdauer). Beim Blutsaugen verdoppelt die Fliege ihr Gewicht und vergrössert ihren Körperumfang. Ein Prozent aller Fliegen sind mit dem Erreger Trypanosoma infiziert und können die Krankheit auf Säugetiere oder Menschen übertragen. Die besondere Eigenschaft der Trypanosomen, die sie gegen Antikörper weitgehend immun macht, sind die VOG (variable Oberflächenglycoproteine), die bei jedem Individuum unterschiedlich sein können. Um die mengenmäßig vorherrschende Trypanosomenpopulation, die hinsichtlich auf die Oberflächenglycoproteinart einheitlich ist, zu vernichten, muss eine spezielle Antikörperart gebildet werden, was einige Zeit in Anspruch nimmt. Während anschliessend die Individuen dieser Art vernichtet werden, können sich die mit anderen Oberflächenglycoproteinen weiterentwickeln. Die unterschiedlichen Oberflächenglycoproteine enthalten jeweils ca. 500 Aminosäuren und ~1000 Gene. Es können bis zu 1000 verschiedene Hüllen durch Zufallsmutation bei Trypanosoma entstehen.
Trypanosoma hat mehrere Unterarten, die sich hinsichtlich der Inkubationszeit und der Krankheitsdauer bis zum Tod unterscheiden.
Erste Krankheitssymptome für die Schlafkrankheit sind Übelkeit, Fieber. Sobald die Trypanosomen aber die Blut-Hirn-Schranke übertreten haben, werden die Symptome deutlich heftiger bis sie zum Tod führen. Die Krankheit kann unbehandelt von wenigen Monaten bis zu 1-4 Jahren (Trypanosoma brucei) dauern, bis es zum Tode kommt.
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